Deuxième version animée du manga, à la trame plus fidèle que la première, Full Metal Alchemist Brotherhood se déroule un pays imaginaire où l’alchimie règne en science universelle. Pour ressusciter leur mère morte, deux frères transgressent la loi de l’alchimie qui interdit la transmutation humaine. Malheur ! Alphonse Elric est dépossédé de son corps tandis qu’Edward perd une jambe et sacrifie l’un de ses bras. Ils se lancent alors à la recherche de la pierre philosophale pour retrouver leurs corps perdus.